Las líneas de generación y aplicación al conocimiento son siete:
- Valoración de servicios ambientales en ecosistemas,
- Biodiversidad,
- Manejo de zonas áridas y semiáridas,
- Restauración de ecosistemas y análisis de características biofísicas,
- Manejo de ecosistemas forestales,
- Ecología de ecosistemas terrestres
- Geomática aplicada al manejo de recursos naturales.